Dinas Perdagangan Kabupaten Kudus dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Kudus Nomor 3 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kudus. Dinas Perdagangan pada awalnya bernama Dinas Perdagangan dan Pengelolaan Pasar yang dibentuk dengan Peraturan Daerah Kabupaten Kudus Nomor 14 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kabupaten Kudus kemudian dirubah per tahun 2017.